A sztori 2 és fél évvel azután játszódik miután Sasuke eltünt.(magyarul kb. Narutoék 16évesek).Ez a sorozat második évadja úgy mond.A történet Sasuke előkerítéséről és az Akatsukiról szól és A 7-es csapat maradék két tagjáról akik társukat keresik és próbálják megakadájozni hogy Orochimaru győzzön.
De a sikertelen kisérletek után hogy visszaszerezzék Sasuket Naruto megtudja hogy 3éve volt hogy felkészüljön az Orochimaruval való küzdelemre akinek a célja hogy átvegye Sasuke teste fölött a hatalmat. Narutonak azzal is számolnia kell hogy az Akatsuki a benne lévő Kyuubit akarja.Így Narutot intenzív edzés alá veti Jiraiya.Eközben Sakura Tsunadeval edz míg Sasuke Orochimaruval.(persze vannak változások mint például a korábban megismert Konohamaru csapatban Konohamaru ojan lett mint egy második Naruto ami elég vicces, míg Jiraiya szerint Sakura meg egy második Tsunade hát ez nem volt olyan vicces^^) |